Nel momento in cui si chiede un rimborso dell'IVA pagata in più, se l'attività di controllo dell'Amministrazione si è svolta per un tempo molto lungo, non è raro che vengano pretesi anche degli interessi di mora.

Questo tema nasce, non tanto dalla direttiva (nella quale non sono espressamente previsti interessi di moraprevisti), quanto da un principio: la neutralità dell'imposta. Secondo tale principio, se lo Stato, per svariati motivi, trattiene una parte di imposta non dovuta genera un danno al soggetto, che quindi merita un rimborso.